而在最初联盟刚刚成立之时，联盟没有强大的武器所以那时联盟采取了基因突变技术。让一些经过筛选的战士服用基因突变优化液产生各种远超常人的能力来为联盟战斗。但是那时的基因技术也不是非常的发达最少没有现在的发达所以那些服用了基因突变优化液的战士很多都在服用之后的数秒就死亡了。而那些存活下来的战士虽然每个人都获得了平常人根本无法比拟的能力。但是因为基因突变的原因也是的这些人里面很多人都已经不再是人样了。而且因为基因突变并不是自然发生的而是靠药物激发出来的所以这些战士在获得了力量的时候自己的生命力也在一直消耗着。不过那时的联盟却也正因为这些战士度过了最艰难的时候。所以关于基因变异的研究联盟一直没有放弃。
基因中后代的表现中也就突然地出现祖先从未有的新性状。例如英国女王维多利亚家族在她以前没有发现过血友病的病人，但是她的一个儿子患了血友病，成了她家族中第一个患血友病的成员。后来，又在她的外孙中出现了几个血友病病人。很显然，在她的父亲或母亲中产生了一个血友病基因的突变。这个突变基因传给了她，而她是杂合子，所以表现型仍是正常的，但却通过她传给了她的儿子。基因变异的后果除如上所述形成致病基因引起遗传病外，还可造成死胎、自然流产和出生后天折等，称为致死性突变；当然也可能对人体并无影响，仅仅造成正常人体间的遗传学差异；甚至可能给个体的生存带来一定的好处。
在在21世纪初由多国科学家参与的“人类基因组计划”，在那时人们正力图绘制出完整的人类染色体排列图。众所周知，染色体是DNA的载体，基因是DNA上有遗传效应的片段，构成DNA的基本单位是四种碱基。由于每个人拥有30亿对碱基，破译所有DNA的碱基排列顺序无疑是一项巨型工程。与传统基因序列测定技术相比，基因芯片破译人类基因组和检测基因突变的速度要快数千倍。基因芯片的检测速度之所以这么快，主要是因为基因芯片上有成千上万个微凝胶，可进行并行检测；同时，由于微凝胶是三维立体的，它相当于提供了一个三维检测平台，能固定住蛋白质和DNA并进行分析。当时美国正在对基因芯片进行研究，已开发出能快速解读基因密码的“基因芯片”，使解读人类基因的速度比目前高1000倍。
而通过使用基因芯片分析人类基因组，可找出致病的遗传基因。癌症、糖尿病等，都是遗传基因缺陷引起的疾病。医学和生物学研究人员将能在数秒钟内鉴定出最终会导致癌症等的突变基因。借助一小滴测试液，医生们能预测药物对病人的功效，可诊断出药物在治疗过程中的不良反应，还能当场鉴别出病人受到了何种细菌、病毒或其他微生物的感染。利用基因芯片分析遗传基因，将使10年后对糖尿病的确诊率达到50%以上。而基因重组是由于不同DNA链的断裂和连接而产生DNA片段的交换和重新组合，形成新DNA分子的过程。1974年波兰斯吉巴尔斯基称基因重组为合成生物学，1978年他在《基因》期刊中写道：限制酶将带领我们进入合成生物学的新时代。而在这里面则出现了一个最受注意的一样那就是基因武器，也称遗传工程武器或DNA武器。
它运用先进的遗传工程这一新技术，用类似工程设计的办法，按人们的需要通过基因重组，在一些致病细菌或病毒中接入能对抗普通疫苗或药物的基因，或者在一些本来不会致病的微生物体内接入致病基因而制造成生物武器，尤其合成生物学的发展，可实现人工设计与合成自然界并不存在的生物或病毒等。它能改变非致病微生物的遗传物质，使其产生具有显著抗药性的致病菌，利用人种生化特征上的差异，使这种致病菌只对特定遗传特征的人们产生致病作用，从而有选择地消灭敌方有生力量。而且基因武器又称作第三代生物战剂。而在21世纪时微生物基因武器生物武器库中的常见家族，包括：利用微生物基因修饰生产新的生物战剂、改造构建已知生物战齐」、利用基因重组方法制备新的病毒战剂；把自然界中致病力强的基因转移，制造出致病力更强的新战剂；把耐药性基因转移，制造出耐药性更强的新战剂。
还有毒素基因武器天然毒素是自然生物产生的，通过生物技术可增强其毒性，还能制成自然界所没有的毒性更强的混种族基因武器是当前基因武器库中最具诱惑力的新成员，也是最具威力的一种。种族基因武器，也称“人种炸弹”，是针对某一特定民族或种族群体的基因武器。几只对某特定人种的特定基因、特定部位有效，故对其他人种完全无害，是新式的超级制导武器。还有转基因食物利用基因技术对食物进行处理，制成强化或弱化基因的食品，诱发特定或多种疾病，降低对方的战斗力；研制转基因药物，通过药物诱导或其他控制手段既可削弱对方的战斗力，也可增强己方士兵的作战能力，是21世纪那时为了培育未来的“超级士兵”所研发的。而之后的克隆武器利用基因技术产生极具攻击性和杀伤力的“杀人蜂”、“食人蚁”或“血蛙”、“巨蛙”类新物种，再利用克隆技术复制。而在现在在联盟的战场上这种克隆武器已经是联盟手中的一把不可缺少的利剑。
基因武器有很多特点和威力，其中这些特点和威力主要边现在这几个方面：一、基因武器有精确的敌我分辨能力，只攻击敌方特定人种。二、基因武器难以防治，有抗药性，有传染性。秘密施放，难以察觉；若已察觉，也很难破译其遗传密码并进行有效治疗。只在所攻击的同类人种中有传染性。三、基因武器杀伤力大，成本低廉，运用遗传工程技术可以大量生产。四、基因武器对敌方有强烈的心理威慑作用。
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