方芳在刘元的赛因斯公司成功登陆火星之后，决定先回到卡洛的身边去，将机械帝国诞生的基本原因，以及刘元最终采用了计算机自主意识思维系统的消息转告卡洛，以提高双星联盟对于机械帝国战略的准确性。不过这次相会，卡洛和方芳按照Z星人的传统举行了婚礼，毕竟处于这场几乎没有把握也不知结局的漫长星际战争中，能够从容的结婚也算是一种勇气。方芳决定再次回到地球时代，等到刘元试制出超级战甲之后就不再设法解决当时发生的机器人设计问题，而将主要精力用在对付机械帝国，以及改进未来的机器人自主思维系统上面。方芳回到地球时代之后，与刘元简单作了交流，谈论到了机器人自主操作系统中存在的隐患，不过这次她才注意到，刘元对于机器人自主操作系统应用后可能产生的危机早已有所警惕，只不过一直没有设计出合适的应对方案，最后也只好采取了姑息“养孩子”的措施，打算将机器人自主思维操作系统蕴含的巨大危机交给了后人来解决，他认定未来的科技工作者会比现在人更有办法。

琼在使用了几次生化武器之后，已经将主要的精力用在应付随之而来的双星联盟报复性偷袭上了，由于采用超级超能战士和高速星际飞船，这支双星联盟反击部队造成的损害很大，往往在取胜后迅速撤离，等到机械帝国的援军到达之后，双星超级战士已经撤离了战场，仅仅留下千疮百孔的机械帝国军事基地和满地凌乱不堪的机器人残片。琼通过情报获得了刘媛逃离王勇身边的消息，索性决定将刘媛消灭掉，因为刘媛如果能够为王勇生育后代而自己不能，王勇的爱情势必会继续留在刘媛身上，那么机械帝国在自己的独自支撑下，没有多久就会被人类联军重新攻陷，为了大局，琼也必须采取一些行之有效的措施，包括安排机械帝国研制下一代克隆人王勇，她将从中挑选出一个优秀者作为机械帝国的继任人。

卡洛在银河宇宙中的几个行星烈性瘟疫忽然蔓延之后，很长一段时间才意识到这是敌人的生化武器作用的结果，因为很多具有完善基因的克隆人并没有患病，所有的瘟疫仅仅在自然人类之间蔓延。为此卡洛也耗尽了心机，通过火星科研部门紧急研制了相对应的基因药物，来进行瘟疫的预防和治疗工作。之后他组织了几次针对机械帝国的报复性进攻，大量使用了超级超能战士进攻对方，收效并不很理想，但是对于机械帝国的威慑作用还不错，琼在很长一段时间没有将精力用在生化武器进攻上。

刘媛被机械帝国战士发现后，针对她的刺杀行动几乎就没有停息过，虽然小刘元被送往外地，但是刘媛遭到的袭击越来越多，刘媛在询问了几个俘虏之后，才知道原来数次袭击居然都是针对她进行的，她被迫在方芳的帮助下逃往更深更远的过去宇宙。

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